Provided herein are methods and systems of molecular profiling of diseases, such as cancer. In some embodiments, the molecular profiling can be used to identify treatments for the disease, such as treatments that provide likely benefit or likely lack of benefit for the disease. The molecular profiling can include analysis of a sequence of a nucleic acid. The invention provides a method of identifying at least one treatment associated with a cancer in a subject. In still another related aspect, the invention provides use of a reagent in carrying out the methods of the invention, and/or use of a reagent in the manufacture of a reagent or kit for carrying out the methods of the invention. In an aspect, the invention provides a system for identifying at least one treatment associated with a cancer in a subject.L'invention concerne des procédés et des systèmes de profilage moléculaire de maladies telles que le cancer. Dans certains modes de réalisation, le profilage moléculaire peut être utilisé pour identifier des traitements pour la maladie, tels que des traitements qui fournissent un avantage probable ou un manque d'avantage probable pour la maladie. Le profilage moléculaire peut comprendre l'analyse d'une séquence d'un acide nucléique. L'invention concerne un procédé d'identification d'au moins un traitement associé au cancer chez un sujet. Dans encore un autre mode de réalisation associé, l'invention concerne l'utilisation d'un réactif dans l'exécution des procédés de l'invention, et/ou l'utilisation d'un réactif dans la fabrication d'un réactif ou d'un nécessaire permettant de mettre en œuvre les procédés de l'invention. Selon un aspect, l'invention concerne un système d'identification d'au moins un traitement associé au cancer chez un sujet.