本发明提供了参与番茄红素的生物合成、并具有SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:5显示的编码番茄红素生物合成所需的蛋白的DNA序列的基因,含有至少一个所述基因的重组载体,以及用所述重组载体转化的并具有高番茄红素含量的微生物。当培养具有crt基因的重组大肠杆菌时,获得的番茄红素的产量为15.3mg/L,含量为4.2mg/gDCW,当用本发明的基因与已知基因的组合转化微生物时,也获得了番茄红素的最大含量5.4mg/gDCW。因此,提供了与已知带有所述基因的番茄红素产生菌株相比,单位细胞干重的番茄红素含量更高的番茄红素产生菌株。因此,所述基因可用于在微生物中大量生产番茄红素,也可用于大量生产类胡萝卜素。