本发明涉及一种来自“百令”生产菌冬虫夏草中国被毛孢参与三磷酸(脱氧)尿苷出发合成代谢(脱氧)尿苷酸的酶,编码这个酶的基因及其应用;所述酶即为核苷三磷酸焦磷酸酶,具有SEQ ID No.1所示的氨基酸序列90%以上同源性,其编码基因具有SEQ ID No.2所示的核苷酸序列90%以上同源性;本发明从原理上对三磷酸(脱氧)尿苷合成(脱氧)尿苷酸的代谢途径进行了详细研究,包含本发明所提供的核苷酸序列的克隆DNA可以用来通过转导、转化、结合转移的方法转入工程菌中,通过调节(脱氧)尿苷酸生物合成基因的表达,赋予宿主(脱氧)尿苷酸的高表达性,为扩大(脱氧)尿苷酸的产量提供了有效途径,具有重大应用前景。