The methods and compositions described herein deliver polypeptides to target cells, for example, by utilizing engineered non-pathogenic bacteria comprising a type 3 secretion system (T3SS) and a T3SS compatible substrate. About doing. In one aspect, described herein are non-pathogenic microbial cells that are engineered to express both a functional type 3 secretion system (T3SS) and at least one polypeptide that is compatible with T3SS. The With a wide variety of polypeptides that can be delivered to target eukaryotic cells using the compositions and systems described herein, a wide range of uses, such as therapy and reprogramming, are contemplated.本明細書において記述される方法および組成物は、例えば3型分泌システム(T3SS)とT3SS適合性基質とを含む操作された非病原性の細菌を利用することにより、標的細胞へポリペプチドを送達することに関する。1つの局面において、機能的3型分泌システム(T3SS)とT3SSに適合する少なくとも1つのポリペプチドとの両方を発現するように操作されている非病原性の微生物細胞が、本明細書において記述される。本明細書において記述される組成物およびシステムを用いて標的真核細胞へ送達されうる多種多様のポリペプチドにより、それに見合った幅広い用途、例えば治療法およびリプログラミングが企図される。