A method for decontaminating a medical instrument having parts that are movable relative to one another involves mounting the instrument in a decontaminating apparatus, and automatically manipulating the instrument to provide relative movement between two or more relatively movable parts of the instrument during an automated decontamination cycle of the decontaminating apparatus. The instrument may be a surgical instrument having an operating portion arranged to remotely control operation of a working portion in use. The method may involve engaging a part or parts of the operating portion to transmit motion thereto for creating the relative movement. An instrument carrier (20) insertable in a decontaminating apparatus in use may be modified to incorporate instrument manipulation means (40).L'invention concerne un procédé de décontamination d'un instrument médical ayant des parties qui sont mobiles l'une par rapport à l'autre, lequel procédé comprend le montage de l'instrument dans un appareil de décontamination et la manipulation automatique de l'instrument pour permettre un déplacement relatif entre au moins deux parties relativement mobiles de l'instrument pendant un cycle de décontamination automatisé de l'appareil de décontamination. L'instrument peut être un instrument chirurgical ayant une partie d'actionnement conçue pour commander à distance l'actionnement d'une partie de travail en utilisation. Le procédé peut comprendre la mise en prise d'une ou plusieurs parties de la partie d'actionnement pour transmettre un mouvement à celles-ci pour créer le déplacement relatif. Un support d'instrument (20) pouvant être introduit dans un appareil de décontamination en utilisation peut être modifié pour incorporer des moyens de manipulation d'instrument (40).