The invention relates to a method of purifying PEGylated proteins by removing impurities from samples containing PEGylated proteins, in particular, but not exclusively vitamin K-dependent blood coagulation factors such as Factor IX (FIX), to proteins purified by said method and to the use of said purified proteins in therapy, in particular but not exclusively, for the treatment of diseases alleviated by blood coagulation factors such as the prophylactic treatment of hemophilia.La présente invention a pour objet un procédé de purification de protéines pégylées par élimination des impuretés des échantillons contenant des protéines pégylées, en particulier, mais pas exclusivement, des facteurs de la coagulation sanguine dépendants de la vitamine K tels que le facteur IX (FIX), des protéines purifiées par ledit procédé et l'utilisation desdites protéines purifiées en thérapie, en particulier mais pas exclusivement, pour le traitement de maladies soulagées par des facteurs de la coagulation sanguine comme le traitement prophylactique de l'hémophilie.