本发明公开了一种爪哇根结线虫效应基因Mj‑ttl,编码蛋白及其应用,属于生物基因工程技术领域。所述效应基因Mj‑ttl的序列如SEQ ID NO:1~2所示,其编码蛋白MJ‑TTL的氨基酸序列如SEQ ID NO:3所示。本发明明确了Mj‑ttl基因特异的在根结线虫亚腹食道腺中表达,是爪哇根结线虫的效应蛋白,通过与植物中FTRc相互作用,增强植株对ROS的降解能力,抑制了ROS在线虫侵染初期在植物细胞内的积累,进而抑制了植物PTI反应的发生,从而使植物对爪哇根结线虫表现出更高的感病性。本发明为抗线虫品种植物的培育提供了新靶标,对实践中培育抗根结线虫作物具有很好的理论和指导意义。