Disclosed are methods of diagnosis of a pathogen-associated disease. These methods comprise: providing a biological sample from a human subject； determining presence, absence and/or quantity of a bacterial pathogen, a viral pathogen, or a combination thereof, by a pathogen culture, a serum antibody detection test, a pathogen antigen detection test, a pathogen DNA and/or RNA detection test, or a combination thereof； determining in the sample, expression levels of at least one endogenous gene in which aberrant expression levels are associated with infection with a pathogen, by a microarray hybridization assay, RNA-seq assay, polymerase chain reaction assay, a LAMP assay, a ligase chain reaction assay, a Southern, Northern, or Western blot assay, an ELISA or a combination thereof, whereby the subject can be diagnosed with the disease if the subject comprises the pathogen and an aberrant level of expression of the at least one gene.La présente invention concerne des procédés de diagnostic d'une maladie associée à un pathogène. Ces procédés comprennent : la fourniture d'un échantillon biologique provenant d'un sujet humain ； la détermination de la présence, l'absence et/ou la quantité d'un pathogène bactérien, un pathogène viral, ou une combinaison de ceux-ci, par une culture de pathogène, un test de détection d'anticorps sérique, un test de détection d'antigène de pathogène, un test de détection d'ADN et/ou d'ARN de pathogène, ou une combinaison de ceux-ci ； la détermination dans l'échantillon des taux d'expression d'au moins un gène endogène dans lequel les taux d'expression aberrants sont associés à une infection par un pathogène, par un essai d'hybridation sur puce, un essai de séquençage d'ARN, un essai de réaction de polymérase en chaîne, un essai LAMP, un essai de réaction de ligase en chaîne, un essai de transfert Southern, Northern, ou Western, un ELISA ou une combinaison de ceux-ci, de sorte que le sujet puisse être diagnostiqué avec la maladie si le sujet comp
