In a medical image processing apparatus, method, and program, the amount of change between two brain images of the same patient with different imaging dates is accurately acquired. The division unit 22 divides the brain included in the first brain image into a plurality of regions by aligning the first brain image including the brain of the subject with the standard brain image divided into a plurality of regions. . The alignment unit 23 aligns the second brain image including the brain of the subject, which has a different imaging date and time with the first brain image, with the first brain image. Based on the result of the alignment, the change amount acquisition unit 24 corresponds, in the brain included in the first brain image, to at least one region of the plurality of regions in the brain included in the second brain image. Get the amount of change from the region.医用画像処理装置、方法およびプログラムにおいて、同一患者の撮影日時が異なる２つの脳画像間の変化量を精度よく取得する。分割部２２が、被検体の脳を含む第１の脳画像を複数の領域に分割された標準脳画像と位置合わせすることにより、第１の脳画像に含まれる脳を複数の領域に分割する。位置合わせ部２３が、第１の脳画像と撮影日時が異なる、被検体の脳を含む第２の脳画像を、第１の脳画像と位置合わせする。変化量取得部２４が、位置合わせの結果に基づいて、第２の脳画像に含まれる脳における複数の領域のうちの少なくとも１つの領域についての、第１の脳画像に含まれる脳における対応する領域からの変化量を取得する。
