The present invention provides a method for preparing a high content of an isoflavone extract from soybeans in a manner which uses water as an extraction solvent or minimizes an organic solvent. According to the present invention, a raw material to be extracted is placed in an extraction column, and the extraction solvent is eluted at a constant flow rate, and since partial purification with a high content of the isoflavone extract is possible simultaneously with extraction by using the phenomenon that a pattern of an ingredient extracted from the raw material varies depending on the temperature and the composition of the extraction solvent, there is an excellent effect of efficiently preparing a high content of the soy isoflavone extract.본 발명은 물을 추출용매로 사용하거나, 유기용매를 최소화하는 방식으로 대두로부터 고함량의 이소플라본 추출물을 제조하는 방법을 제공하는데 있다. 본 발명에 따르면 추출대상 원료를 추출용 컬럼에 넣고 추출용매를 일정한 유속으로 용출시키면서 온도, 추출용매의 조성에 따라 원료에서 추출되는 성분의 패턴이 달라지는 현상을 활용하여 추출과 동시에 고함량으로 부분정제를 할 수 있는 특징이 있으므로, 고함량의 대두 이소플라본 추출물을 효율적으로 제조할 수는 뛰어난 효과가 있다.