两个与黄瓜果瘤基因Tu紧密连锁的分子标记,第一个命名为Y32,由SEQ ID NO.1所示的DNA片段和SEQ ID NO.2所示的DNA片段组成;其中SEQ ID NO.1所示的DNA片段与果瘤基因Tu连锁,SEQ ID NO.2所示的DNA片段与无瘤基因tu连锁。第二个命名为Y46,由SEQ ID NO.3所示的DNA片段和SEQ ID NO.4所示的DNA片段组成;其中SEQ ID NO.3所示的DNA片段与果瘤基因Tu连锁,SEQ ID NO.4所示的DNA片段与无瘤基因tu连锁。本发明的两个分子标记Y32和Y46与已经公开的SCAR标记C_SC69和SSR标记16203相比,与Tu基因位点的连锁更加紧密,已经将Tu基因定位在50Kb区间,对关于有瘤/无瘤的黄瓜分子标记辅助育种体系的建立更有帮助。