本发明涉及与黄瓜果实软刺基因Ts紧密连锁的InDel分子标记,分别命名为InDel‑Ts4和InDel‑Ts5,分子标记InDel‑Ts4具有序列表SEQ ID NO.1所示的229个核苷酸序列;分子标记InDel‑Ts5具有序列表SEQ ID NO.2所示的177个核苷酸序列。分子标记InDel‑Ts4由ME9所示的上游引物和EM10所示所示的下游引物组成;分子标记InDel‑Ts5由ME11所示的上游引物和EM12所示的下游引物组成。此两个分子标记的特征是与软刺基因紧密连锁,以便分子标记辅助育种体系的建立。该分子标记具有高稳定性,可以简便、快速、高通量地应用于世界各地黄瓜硬刺/软刺类型的筛选。