本发明公开了一种与洋葱雄性不育恢复基因Ms紧密连锁的SCAR标记,其特异片段长度为566bp,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。所述SCAR标记引物是:正向引物FN1:5′-TTCATTTGTTAGGATGTACTCTTACC-3′;反向引物RN1:5′-TACAGATTTGTTTATCTTCTTCTTCTTCT-3′。利用本发明的标记可以对洋葱雄性不育基因的基因型进行快速准确的判断,这对于加快洋葱的育种进程,建立洋葱分子标记辅助育种技术体系具有重要意义。本发明的应用可大大缩短育种年限,避免了常规育种方法中的盲目性,极大地提高了选择效率。