本发明涉及一种利用SSR和STS技术筛选棉花细胞质雄性不育恢复基因连锁的分子标记的方法和应用。包括步骤:a)构建(P30A×Y18R)×P30B回交群体BC1F1代共369个单株。育性分离比符合1∶1,由一对显性基因控制。b)SDS-CTAB法提取(P30A×Y18R)×P30B回交群体BC1F1代共369个单株叶片基因组DNA。分别构建可育和不育DNA混合池,每个DNA混合池由5个单株构成。c)SSR分析或STS分析,并同收SSR或STS标记扩增的特异DNA片段测序。d)数据分析。本发明公开了两个与棉花细胞质雄性不育恢复基因连锁的新标记,所述分子标记具有SEQ ID No.5和SEQ ID No.6的核苷酸序列;所述分子标记的引物对具有SEQ ID No.1和SEQ ID No.2或SEQ ID No.3和SEQ ID No.4的核苷酸序列。另外,本发明也公开了所述棉花细胞质雄性不育恢复基因连锁分子标记在恢复系分子鉴定中的应用。