The invention provides an endoglycosidase, referred to as EndoS49 and having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1. EndoS49 was isolated from Streptococcus pyogenes strain NZ131 and is a homolog of EndoS. EndoS49 has specific endoglycosidase activity on native IgG and cleaves a larger variety of Fc glycans than EndoS. A mutant thereof where the glutamic acid at position 186 of SEQ ID NO: 1 was substituted was produced: said mutant lacks endoglycosidase activity but is capable of binding to IgG. Methods using EndoS49, deletions thereof and said mutant, especially for assessing glycosylation of IgG or for isolating IgG are disclosed.본 발명은 EndoS49로 언급되고 서열번호 1의 아미노산 서열을 가진 엔도글리코시다아제를 제공한다. EndoS49는 스트렙토코쿠스 피오게네스(Streptococcus pyogenes) NZ131 균주로부터 분리되었고, EndoS와 상동체이다. EndoS49는 자연적인 IgG에 특징적으로 엔도글리코시다아제 활성을 가지며 EndoS 보다 더 다양한 Fc 글리칸으로 쪼갠다. 서열번호 1의 186번째 위치의 글루탐산이 치환된 이의 변이체를 생산하였으며, 상기 변이체는 엔도글리코실라아제 활성은 결여되었으나 IgG 결합은 가능하다. EndoS49를 사용하는 방법, 이의 결실 및 상기 변이체, 특히 IgG의 글리코실화 평가 또는 IgG를 분리하는 방법이 기재되어 있다.