The present invention autoimmune diseases or inflammatory diseases containing stem cells or their culture relates to a method for producing a composition for prophylaxis or treatment and the composition of the . Stem cell or a culture of the present invention , NOD2 stem cells cultured with the addition of an agonist can be effectively used for the prevention or treatment of autoimmune diseases or inflammatory diseases including atopic dermatitis .본 발명은 줄기세포 또는 이의 배양물을 함유하는 면역 질환 또는 염증 질환의 예방 또는 치료용 조성물 및 상기 조성물의 제조방법에 관한 것이다. 본 발명의 줄기세포 또는 이의 배양물, NOD2 아고니스트를 첨가하여 배양한 줄기세포는 아토피 피부염을 포함하는 면역 질환 또는 염증 질환의 예방 또는 치료에 효과적으로 사용될 수 있다.