本发明公开了一种分子改良型凋亡素(30~121)及其制备方法和应用。该凋亡素序列具有SEQ ID № 2所述的氨基酸序列和SEQ ID № 1所述的核苷酸序列。本发明前期通过基因拼接法,据NCBI gene bank中VP3基因序列,设计基因合成所用的寡核苷酸序列(Oligo1-Oligo20)及PCR扩增引物p1、p2,将Oligo1到Oligo20共20条引物,两两重叠,覆盖整个VP3基因编码区。再根据VP3的基因序列设计VP3(30-121)的引物,分别为-N端和-C端引物,据碱基互补配对原则、GC比值和酶切位点相关因素设计引物序列等一系列步骤,得到所需的扩增产物分子改良型凋亡素VP3(30-121)。实验结果显示,所述的分子改良型凋亡素在制备抗肿瘤药物方面具有良好的应用前景。