The present invention relates to a method for preparing a faecal microbiota sample of a donor subject, comprising the steps of: a) collecting at least one faecal microbiota sample from the donor subject, b) in a less than 5 minutes after the sampling, placing said sample obtained in a) in an oxygen-tight collection device, c) mixing the sample obtained in b) with at least one aqueous saline solution comprising at least minus a cryoprotectant and / or a filler, d) optionally, the filtration of the mixture obtained in c), in particular by a filter comprising pores with a diameter of less than or equal to 0.7 mm, preferably less than or equal to 0.5 mm, and e) storage of the mixture obtained in c) or d) by freezing at a temperature between -15 ° C and -100 ° C, steps b) to e) being performed anaerobically.La présente invention se rapporte à un procédé de préparation d'un échantillon de 5 microbiote fécal d'un sujet donneur, comprenant les étapes suivantes: a) le prélèvement d'au moins un échantillon de microbiote fécal du sujet donneur, b) dans un délai inférieur à 5 minutes suivant le prélèvement, le placement dudit échantillon obtenu en a) dans un dispositif de collecte étanche à l'oxygène, c) le mélange de l'échantillon obtenu en b) avec au moins une solution aqueuse saline 10 comprenant au moins un cryoprotectant et/ou un agent de charge, d) optionnellement, la filtration du mélange obtenu en c), notamment par un filtre comprenant des pores de diamètre inférieur ou égal à 0.7 mm, de préférence inférieur ou égal à 0.5 mm, et e) le stockage du mélange obtenu en c) ou d) par congélation à une température 15 comprise entre -15°C et -100°C, les étapes b) à e) étant réalisées en anaérobiose.
