The present invention relates to a method for preparing a faecal microbiota sample from a donor subject, comprising the steps of: a) collecting at least one faecal microbiota sample from the donor subject, and less than 5 minutes after sampling, placing said sample obtained in a) in an oxygen-tight collection device, c) mixing the sample obtained in b) with at least one aqueous saline solution comprising at least one cryoprotectant and / or a filler, d) optionally, the filtration of the mixture obtained in c), in particular by a filter comprising pores with a diameter less than or equal to 0.7 mm, preferably less than or equal to 0.5 mm, and e) storing the mixture obtained in c) or d) by freezing at a temperature between -15 ° C and -100 ° C, the steps b) to e) being performed anaerobically. La présente invention se rapporte à un procédé de préparation d'un échantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur, comprenant les étapes suivantes: a) le prélèvement d'au moins un échantillon de microbiote fécal du sujet donneur, b) dans un délai inférieur à 5 minutes suivant le prélèvement, le placement dudit échantillon obtenu en a) dans un dispositif de collecte étanche à l'oxygène, c) le mélange de l'échantillon obtenu en b) avec au moins une solution aqueuse saline comprenant au moins un cryoprotectant et/ou un agent de charge, d) optionnellement, la filtration du mélange obtenu en c), notamment par un filtre comprenant des pores de diamètre inférieur ou égal à 0.7 mm, de préférence inférieur ou égal à 0.5 mm, et e) le stockage du mélange obtenu en c) ou d) par congélation à une température comprise entre -15°C et -100°C, les étapes b) à e) étant réalisées en anaérobiose.
