本发明涉及一种聚酮合酶Preu3‑△CMeT及其在制备苔色酸中的应用,属于分子生物学与生物化学技术领域。本发明所述聚酮合酶Preu3‑∆CMeT的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,其是以光黑壳属真菌来源的聚酮合酶Preu3为材料,基于组合生物合成技术敲除其CMeT结构域构建而成;将其转入酿酒酵母,成功获得可高效生产苔色酸的突变株;并以制备的苔色酸为对象,研究了其对临床耐药细菌以及农作物病原真菌的抑制活性,发现其对耐碳青霉烯铜绿假单胞菌有很强的拮抗作用,MIC为12.5μg/mL。本发明极大地丰富了苔色酸的生产来源,对于拓展其衍生化途径,研发新型抗菌剂有重要的科学价值和应用前景。