本发明提供一种大豆sHSP16.9基因及其应用,属于植物基因工程领域。该基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明利用RT‑PCR技术克隆大豆小热激蛋白sHSP16.9基因,通过生物信息学分析预测该基因编码168个氨基酸,同时,本发明还成功构建超表达和CRISPR‑Cas9基因编辑载体并转化大豆,并利用农杆菌介导法转化大豆子叶节,经PCR检测,获得T0代转超表达载体的阳性植株5株,T1代阳性植株8株,T2代阳性植株若干株;转CRISPR载体的T0代阳性植株4株,T1代阳性植株9株,T2代阳性植株若干株。本发明sHSP16.9基因的表达可提高大豆的抗旱能力。