本发明公开了黄瓜6号染色体探针制备的方法和应用。它是基于黄瓜基因组序列,通过RepeatMasker软件和黄瓜基因组数据库BLAST分析选取不含重复序列的DNA序列,利用Primer Premier 5.0软件进行引物设计。通过PCR扩增获得覆盖单染色体的PCR产物,将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳纯化,利用核酸浓度测量仪测定浓度后,将每对引物等量的产物进行混池,并用缺刻平移法标记探针,并利用荧光原位杂交技术杂交到染色体制片上,完成单染色体探针的制备和检测应用。通过应用此方法,可以快速获得黄瓜单染色体或者任何染色体区段的探针,可对单染色体或任何染色体的形态结构进行精确的分析研究。