本发明提供编码重组猪圆环病毒2型Cap蛋白的基因及其应用,属于分子生物学领域。编码重组猪圆环病毒2型Cap蛋白的基因,含有SEQ ID NO:1所示的序列。本发明还提供含有上述基因的重组表达载体,含有重组猪圆环病毒2型Cap蛋白的复合物。该复合物制备方法为:培养重组菌,破碎获得裂解液上清,纯化后获得含有重组猪圆环病毒2型Cap蛋白的复合物。本发明将Cap蛋白编码基因进行了密码子优化,所以重组Cap蛋白能够高产、高效、可溶表达;由于上述复合物含有肽聚糖锚钩蛋白PA,有利于后续纯化。本发明重组猪圆环病毒2型Cap蛋白活性良好,含有该重组蛋白的复合物免疫小鼠后可产生高水平的猪圆环病毒2型特异性抗体。