本发明提供密码子优化的猪圆环病毒2型Cap蛋白编码基因及其应用,属于分子生物学领域。所述Cap蛋白编码基因如SEQ ID NO:1。含有所述基因的重组载体、重组菌。制备猪圆环病毒2型病毒样颗粒的方法,诱导重组菌表达猪圆环病毒2型Cap蛋白,将重组菌裂解,取裂解液,纯化后获得猪圆环病毒2型病毒样颗粒。以所述病毒样颗粒为活性成分的基因工程亚单位疫苗。密码子优化的猪圆环病毒2型Cap能够实现大量可溶性表达。病毒样颗粒(VLP)由Cap蛋白组装而成,具有良好的免疫原性。采用本发明病毒样颗粒制备的疫苗,可预防猪圆环病毒2型感染,具有免疫原性好、抗体水平较高、攻毒后能够起到有效保护的优点。