The present invention is based on the use of the H3K9me2 methylation levels in plant genomes to predict transgene silencing, transgene stability, and/or transgene expression level. Provided are methods and/or systems for generating whole-genome H3K9me2 maps and its use with an assigned threshold value for predicting gene silencing. The methods and/or systems provided herein can be used in high-throughput setting for screening large number of transformed event in a relatively short period of time as compared to existing technologies.La présente invention est basée sur l'utilisation des niveaux de méthylation H3K9me2 dans des génomes de plantes permettant de prédire le silençage transgénique, la stabilité transgénique, et/ou un niveau d'expression transgénique. L'invention concerne des procédés et/ou des systèmes permettant de générer des cartes H3K9me2 du génome entier et leur utilisation avec une valeur seuil attribuée afin de prédire le silençage génique. Les procédés et/ou les systèmes selon l'invention peuvent être utilisés dans une configuration à haut rendement pour cribler un grand nombre d'événements transformés en un temps relativement court comparé aux technologies existantes.