PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an endoscope system, a processor device, and an operation method of the endoscope system capable of supporting the determination on whether or not a photographing condition is appropriate when acquiring an image for correction value calculation.SOLUTION: An endoscope system 10 includes a correction value calculation part 72 for calculating a correction value for data used for calculating biological information, etc., an index value calculation part 75 for calculating one or a plurality of kinds of index values 102 that serve as a criterion for determining propriety of the correction value calculation or propriety of the correction value use, a display part for displaying the index values 102, an input part 74 for inputting an instruction to calculate the correction value or an instruction to execute the correction using the correction value, and a correction part 73 for executing the correction using the correction value when the correction value calculation part 72 calculates the correction value upon receipt of the instruction to calculate the correction value, or when it receives the instruction to execute the correction.SELECTED DRAWING: Figure 3【課題】補正値算出用画像を得る際に、撮影の条件が適切であるか否かの判断を支援する内視鏡システム、プロセッサ装置、及び、内視鏡システムの作動方法を提供する。【解決手段】内視鏡システム10は、生体情報の算出に使用するデータ等の補正値を算出する補正値算出部72と、補正値の算出の可否、または、補正値の使用の可否を判断する判断基準となる指標値102を1種類または複数種類算出する指標値算出部75と、指標値102を表示する表示部と、補正値を算出する指示、または、補正値を用いて補正を実行する指示を入力する入力部74と、補正値を算出する指示を得て補正値算出部72が補正値を算出した場合、または、補正を実行する指示を得た場合に、補正値を用いて補正する補正部73と、を備える。【選択図】図3