The present invention provides for the delivery, engineering and optimization of systems, methods and compositions for manipulating the activity of sequences and / or target sequences. Vectors and vector systems that partially encode one or more components of the CRISPR complex, and methods for designing and using such vectors are provided. Also provided are methods for directing CRISPR complex formation in prokaryotic and eukaryotic cells to ensure improved specificity of target recognition and to avoid toxicity.本発明は、配列および/または標的配列の活性を操作するための系、方法、および組成物の送達、エンジニアリングおよび最適化を提供する。一部がCRISPR複合体の1つ以上の成分をコードするベクターおよびベクター系、ならびにかかるベクターの設計および使用方法が提供される。また、標的認識の特異性の向上および毒性の回避を確実にするため原核細胞および真核細胞においてCRISPR複合体形成を指向させる方法も提供される。