本发明公开了优化的牛凝乳酶原基因及其分泌表达方法和应用。本发明综合考虑密码子使用频率、GC含量的调整、不稳定序列的删除、mRNA二级结构及密码子分布不同而引起的蛋白翻译速率之间的差异等影响因素，按照毕赤酵母的偏爱密码子对牛凝乳酶原基因进行改造分别获得SEQ ID NO.1、2、3所示的优化的牛凝乳酶原基因。本发明还提供了一种重组牛凝乳酶原的生产方法，包括：将含有优化的牛凝乳酶原基因的重组表达载体转化宿主细胞，得到重组菌株；培养重组菌株，诱导重组牛凝乳酶原的表达，回收并纯化所表达的产物。相比原始牛凝乳酶原基因，优化后的牛凝乳酶原基因在毕赤酵母中的分泌表达量以及酶活均有显著提升。
