本发明公开了密码子优化的高比活乳糖酶突变基因及其分泌表达方法。本发明将从动物物双歧杆菌(Bifidobacterium animalis)中克隆的乳糖酶基因在不改变其氨基酸序列的基础上按照毕赤酵母的密码子偏好进行基因的密码子及GC含量的优化,优化后的乳糖酶基因为SEQ ID NO.2所示。相比于优化前,共改变461个碱基,GC%含量由原来的61.11%降低为53.79%。密码子优化后的乳糖酶酶活相比于优化前有显著提高,本发明还发现,将乳糖酶基因与二硫键异构酶共转化毕赤酵母细胞,不仅可以显著的提高乳糖酶的相对酶活,还可大幅度提高乳糖酶基因在毕赤酵母中的分泌表达量。