本发明涉及小麦分子育种领域,具体公开了一种小麦旗叶长QTL连锁的分子标记及其应用。本发明提供了与小麦旗叶长QTL QFll‑5B连锁的SNP分子标记,位于RefSeqv1.0基因组版本的5B染色体长臂上,其为SEQ ID NO.31所示序列的第51位,多态性为C/T,可通过核苷酸序列如SEQ ID NO.1~3所示的引物扩增得到。该分子标记能准确跟踪小麦旗叶长QTL QFll‑5B,预测小麦的旗叶长特性,便于进行分子设计育种。本发明还公开了鉴定所述分子标记的方法,利用该方法能够加强旗叶长的预测的准确性,以便快速筛选出具有增加旗叶长的小麦品种或品系用于育种,可大大加快小麦高产量品种的选育进程。