本发明属于蔬菜分子育种技术领域,具体涉及一种与芥蓝隐性核雄性不育相关的SNP分子标记及其应用。所述的与芥蓝隐性核雄性不育相关的SNP分子标记为JL‑SNP3、JL‑SNP4、JL‑SNP7‑7和JL‑SNP7‑8,其SNP位点的核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑4所示,上述分子标记与芥蓝育性表型共分离或紧密连锁。本发明还提供了一种鉴定上述SNP分子标记的KASP引物,该引物可以用于快速鉴定芥蓝育性表型。本发明开发的SNP分子标记与芥蓝不育表型共分离,可以实现在芥蓝幼苗期判定植株育性,从而减少制种成本,提高育种效率。同时,也可以加速新的芥蓝或甘蓝类十字花科蔬菜核雄性不育系的转育进程。