本发明涉及西红花及西红花内生真菌GGPPS基因、基因克隆方法与应用,属于基因工程技术领域。本发明公开了西红花和西红花内生真菌的代谢途径中牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(Geranylgeranyl pyrophosphate synthase,GGPPS)两个基因,其具有SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列;两个基因具有相同的SEQ ID NO.1序列所示开放阅读框,编码SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列。通过颜色遗传互补反应验证了该GGPPS基因编码的蛋白是具有典型GGPPS酶功能,可催化FPP和IPP合成GGPP(C20)。