본 발명의 실시예에 따른 수서생물 보호 장치는 수중에 설치되되 지중에 매립되어 일부가 하천 바닥의 외부로 노출되고, 상기 하천 바닥의 외부로 노출된 일부에 어류의 출입이 가능한 주 출입구가 형성되며, 내부에 상기 주 출입구를 통하여 외부공간과 연통되는 복수개의 수용공간이 형성되는 본체, 그리고 상기 복수개의 수용공간에 각각 수납되고, 내부에 어류가 은신 가능한 은신공간이 형성되며, 일 측에 상기 어류의 출입이 가능한 보조 출입구가 형성되는 복수 개의 피란처를 포함하고, 상기 복수 개의 피란처에 형성된 각 보조 출입구는 서로 다른 크기로 형성되는 것을 특징으로 한다. 본 발명에 의하면, 본체 내부에 수초 등이 서식할 수 있는 서식공간과, 다양한 크기의 어류가 서식할 수 있는 복수개의 피란처를 구비함으로써, 수서생물이 활발하게 번식할 수