本发明提供白叶枯病抗性基因Xa21辅助育种分子标记,所述分子标记是与水稻白叶枯病抗性基因Xa21共分离的SNP标记RSXA211110,该SNP标记检测水稻第11号染色体20894905位碱基;基于KASP技术开发的该SNP标记的引物,包括特异引物X、特异引物Y和通用引物C,引物序列分别如SEQ ID NO:1‑3所示。本发明还提供SNP标记RSXA211110在白叶枯病抗性基因Xa21辅助育种中的应用。本发明具有操作简单、成本低廉、周期短的优点,而且该标记的稳定性好,不受其它基因效应和环境因素的影响,可在早代选择,缩短育种年限,提高育种效率,对水稻抗白叶枯的品种改良具有重要意义,适用于Xa21基因的辅助选择育种。