本发明公开了一种与水稻白叶枯病抗性基因紧密连锁的分子标记、引物及其应用,其特征在于,所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。所述引物对的引物1的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,所述引物2的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。在用于水稻白叶枯病检测时,通过PCR扩增,若所得PCR扩增产物为98bp碱基片段,则待测水稻为白叶枯病抗性品种,若所得PCR扩增产物为103bp碱基片段,则待测水稻为白叶枯病感病品种。本发明方法可以对白叶枯病抗性水稻进行早期世代选择而缩短育种周期,能够较快地筛选出抗白叶枯病的水稻材料,可广泛应用于水稻的辅助育种。