本发明“黄瓜抗番木瓜环斑病毒病基因prsv的Indel标记及其应用,”涉及生物技术辅助育种领域。黄瓜番木瓜环斑病毒病(PRSV)抗性基因prsv紧密连锁的Indel标记,其特征在于:prsvInde2-F/prsvInde2-R:CTTCCCCATCATCATACATC/AAGCAGGAGAATGAAACAAC;所述Indel标记扩增的与黄瓜PRSV感病基因PRSV连锁的特征条带为176bp,核苷酸序列见Seq ID No.1;所述Indel标记扩增的与黄瓜PRSV抗病基因prsv连锁的特征条带为170bp,核苷酸序列见Seq ID No.2所示;采用本发明获得的Indel标记,可以在黄瓜候选材料的任何阶段判断其是否对PRSV具有抗性,该标记具有高效、限制少的优点,对选育抗PRSV的黄瓜育种材料提高了效率,缩短了育种周期。