The present invention comprises an expression construct comprising a Cas9 nuclease variant or an expression construct thereof that has a higher specificity compared to a wild type Cas9 nuclease and a coding sequence of a tRNA-gRNA fusion or ribozyme-gRNA fusion, or a Cas9 nucleus Genome editing system for performing site-specific modifications to a target sequence in the genome of a cell, comprising an expression construct comprising both the coding sequence of the clease variant and the coding sequence of the tRNA-gRNA fusion or the ribozyme-gRNA fusion To provide. The present invention also provides a method for genetically modifying cells by introducing a genome editing system with high efficiency and specificity.본 발명은, 야생형 Cas9 뉴클레아제와 비교해 특이성이 높은 Cas9 뉴클레아제 변이체 또는 이의 발현 구조체, 및 tRNA-gRNA 융합체 또는 리보자임-gRNA 융합체의 코딩 서열을 포함하는 발현 구조체를 포함하거나, 또는 Cas9 뉴클레아제 변이체의 코딩 서열과 tRNA-gRNA 융합체 또는 리보자임-gRNA 융합체의 코딩 서열을 모두 포함하는 발현 구조체를 포함하는, 세포의 게놈에서 타겟 서열에 대해 부위-특이적인 변형을 수행하기 위한 게놈 편집 시스템을 제공한다. 또한, 본 발명은 효율과 특이성이 높은 게놈 편집 시스템을 도입함으로써 세포를 유전자 변형하는 방법을 제공한다.