The present invention provides a gene delivery system containing nanoparticles. In more detail, the present invention provides a gene delivery system containing (a) a nanomaterial (b) an oligonucleotide as an universal binding partner covalently linked to the surface of the nanomaterial and (c) a cargo comprising (i) a complementary oligonucleotide containing a nucleotide sequence complementary to the universal binding partner as a binding counter-partner, and (ii) an inhibitory molecule having a nucleotide sequence complementary to a target gene of interest to be inhibited or an inducible molecule having a nucleotide sequence of a target gene of interest to be expressed. The present invention is a gene delivery system capable of feasibly deliver aptamer, siRNA, shRNA, miRNA, ribozyme, DNAzyme, PNA or gene as well as antisense oligonucleotide into the cells. In addition, the present invention is more efficient than the commercially available gene transfer reagent in respect to the degree of knockdown of target protein expression.本発明は、ナノ粒子を含む遺伝子運搬体に関する。より具体的には、(a)ナノ物質と、(b)前記ナノ物質の表面と共有結合で連結された(covalently linked to)ユニバーサル結合パートナー(universal binding partner)としてのオリゴヌクレオチドと、(c)(i)前記結合パートナーに相補的な配列を含む結合カウンターパートナー(binding counter-partner)としての相補的オリゴヌクレオチド及び(ii)発現を減少させようとするターゲット遺伝子に相補的な配列を有する抑制分子(inhibitory molecule)または発現を誘導しようとするターゲット遺伝子の配列を有する誘導分子(inducing molecule)を含む運搬対象(cargo)と、を含む遺伝子運搬体に関する。本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチドだけではなく、アプタマー、siRNA、shRNA、miRNA、リボザイム(ribozyme)、DNAzyme、PNA、または遺伝子の配列を有したDNA及びRNAを細胞内に容易に運搬できるシステムである。また、本発明は、商業的に利用する遺伝子伝達試薬よりターゲット遺伝子の発現をより効率的にノックダウンさせる。