本发明公开了一种与烟草黑胫病0号、1号生理小种抗性基因Bs_t连锁的SSR标记及其应用,所述的与烟草黑胫病0号、1号生理小种抗性基因Bs_t连锁的SSR标记的编号为TM51207和TM55805,其扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。所述的应用为所述的与烟草黑胫病0号、1号生理小种抗性基因Bs_t连锁的SSR标记在检测烟草基因组DNA中是否存在抗烟草黑胫病0号、1号生理小种基因Bs_t中的应用。本发明所述的SSR标记具有稳定、可靠、简便、快捷和低成本的特点,因此该分子标记可以作为烟草黑胫病(0号和1号生理小种)抗病育种中Bs_t基因分子标记辅助选择的应用。