本发明公开了一种抗烟草黑胫病Ph基因连锁的分子标记及其应用，抗烟草黑胫病Ph基因连锁的分子标记的编号为Scf_30K、TM62、ST141，InDel 标记为InDel0617，其扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No.1、SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。抗烟草黑胫病Ph基因连锁的分子标记辅助选择在杂交1代、回交2代及其后续回交、自交改良系（群体）中的应用和在黑胫病抗性改良中的应用。本发明提供了与抗烟草黑胫病Ph基因连锁的分子标记及其在改良已有优良品种抗性上的应用，为抗黑胫病Ph基因的精细定位和基因克隆奠定基础，可以在烟草抗性改良候选材料的杂交、回交及其后续世代对其进行抗性筛选，具有便捷、准确、高效、且呈共显性的优点，为利用分子标记辅助选择（MAS）改良烟草品种抗性提供便捷、实用、科学、高效的途径。
