本发明公开了一种甘薯花青素转运相关蛋白IbGSTF4及其编码基因与及在培育转基因植物中的应用。所述的IbGSTF4蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示,IbGSTF4蛋白的编码基因如SEQ ID NO:1所示,通过将含有IbGSTF4蛋白编码基因插入到pGWB12的两个attR位点之间得到pGWB12:IbGSTF4重组载体。本发明的IbGSTF4蛋白及其编码基因和重组载体可调控植物花青素运转过程,将编码IbGSTF4蛋白的DNA分子导入目的植物,能够得到花青素积累量增加的转基因植物。本发明提供的IbGSTF4蛋白及其编码基因在提高植物花青素含量方面具有重要的理论意义与应用价值,为转基因植物的培育奠定了基础。