本发明提供了一种金黄色葡萄球菌IsdBid-TRAP融合蛋白,其氨基酸序列如SEQ ID No.1所示。本发明融合蛋白的制备方法包括金黄色葡萄球菌IsdB免疫优势片段(IsdB immunodominant fragment,IsdBid)的选择和采用重叠引物延伸PCR技术将IsdBid与trap基因用Linker连接起来,并将IsdBid-TRAP融合蛋白基因进行原核表达,然后纯化该融合蛋白。利用本发明的IsdBid-TRAP融合蛋白制备得到的疫苗免疫小鼠后,经检测该融合蛋白疫苗的免疫效果明显优于IsdB和TRAP单独免疫以及IsdB与TRAP混合在一起免疫的免疫效果,是制备金黄色葡萄球菌疫苗理想的候选抗原。