本发明涉及一种金黄色葡萄球菌ITC融合蛋白,是由IsdB免疫优势片段(IsdBid)和Trap以及ClfA免疫优势片段N3区域(ClfAN3)融合而成的蛋白,其氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明还提供了该融合蛋白的编码基因、制备方法以及在制备预防金黄色葡萄球菌感染的疫苗中应用。本发明的ITC融合蛋白含有多种抗原,因此免疫效果好,提高了抗金黄色葡萄球菌感染的保护作用,结果与ClfA、IsdB和TraP任意单个蛋白免疫结果相比较,ITC融合蛋白免疫效果优于单个蛋白的免疫效果,并且由于ITC包含分子量较小的Trap和有两种抗原的免疫优势片段,使得肽链长度不会过长,利于体外表达,在预防金黄色葡萄球菌新型疫苗的开发应用方面具有重要价值。