本发明涉及一种小麦穗长主效QTL紧密连锁的分子标记检测引物与应用,分子标记检测引物包括分子标记XWMC112的上游引物,核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,分子标记XWMC112的下游引物,核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;分子标记XCFD53的上游引物,核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示,分子标记XCFD53的下游引物,核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。本发明首次研究发现了与小麦穗长主效QTL紧密连锁的分子标记XWMC112和分子标记XCFD53,利用分子标记XWMC112和分子标记XCFD53可以快捷地对小麦品种或品系是否具有穗长的QTL进行判断,快速筛选出具有增加穗长QTL的小麦品种或品系,加快高产小麦品种的育种进程。