本发明公开了一种小麦穗密度QTL连锁的HRM分子标记及其应用。本发明提供一种与小麦穗密度QTL Qsd.sau‑7A连锁的分子标记,该分子标记为0C32‑715,核苷酸序列如SEQ ID No:1所示。检测分析表明,该分子标记能密切跟踪所述小麦穗密度QTL,可以预测小麦的小穗密集着生的特性,进而通过分子辅助育种选育高穗密度的品种(系)。本发明还提供分子标记0C32‑715在小麦育种中的应用。利用本发明提供的方法能够在一定范围内提高小麦穗密度预测的准确性,以便快速筛选出具有增加穗密度值的QTL的小麦品种或品系用于育种,可大大加快小麦高产品种的选育进程。