本发明公开了一种环麦芽糊精酶及其制备方法与应用。所述的酶序列见SEQ ID NO:2。本发明基于喜热厌氧菌基因组测序数据分析获得环麦芽糊精酶CtCD基因序列,并对CtCD基因序列进行优化,通过人工合成的方法获得优化后的环麦芽糊精酶基因序列,并添加酶切位点SacI和XhoI,将该优化后的基因克隆入pET28a‑SUMO表达载体上,在大肠杆菌E.coli Rosette中进行诱导表达,纯化得到较高纯度的重组环麦芽糊精酶蛋白。该酶对三种环糊精(α‑环糊精、β‑环糊精和γ‑环糊精)均有很强的水解作用,该酶可用于制备麦芽六糖、麦芽七糖或麦芽八糖;该酶对致病菌(金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌)的生物膜形成有明显抑制作用,在和抗生素联用治疗生物膜引起的耐药性致病菌感染方面具有良好的应用前景。