Methods of qualitatively and/or quantitatively detecting the presence of mutations, modifications or impurities in a protein sample are provided. The methods utilize isotopically labeled variants of amino acids incorporated into proteins prior to protein digest to enable comparisons of two protein samples in bottom-up liquid chromatography. The measurements achieved by the present invention take into account not only the masses of peptides generated during proteolytic digest, but also the abundance of each resulting peptide. Measuring of the abundance of peptides by MS is enabled by utilizing a SITRS sample that is mixed with an unlabeled protein prior to protein digest. As used herein, the term "SITRS sample" or "SITRS standard" means a protein (e.g., an antibody) of known sequence, labeled with a stable isotopically labeled variant of at least one amino acid present in the protein.La présente invention concerne des procédés de détection qualitative et/ou quantitative de la présence de mutations, de modifications ou dimpuretés dans un échantillon de protéines. Les procédés emploient des variants marqués isotopiquement dacides aminés incorporés dans les protéines avant la digestion de ces dernières pour permettre la comparaison de deux échantillons de protéines par chromatographie liquide "par le bas" (bottom-up). Les mesures réalisées par la présente invention prennent non seulement en compte les masses des peptides générés pendant la digestion protéolytique, mais également labondance de chaque peptide résultant. La mesure de labondance des peptides par spectroscopie de masse (MS) est effectuée par utilisation dun échantillon SITRS qui est mélangé à une protéine non marquée avant la digestion de protéines. Tel que décrit dans la description, le terme "échantillon SITRS" ou "norme SITRS" signifie une protéine (par ex., un anticorps) de séquence connue, marquée avec un variant stable marqué isotopiquement dau moins un acide aminé présent dans la protéine.
