The present invention relates to a method for preparing a fermented sterilization substance and a fermented sterilization composition including the fermented substance as an active ingredient. The method includes the following steps: using either or both of lactic acid bacteria and yeast strains to ferment a mixture including at least two of Lonicera japonica, Scutellaria baicalensis, Pueraria thunbergiana, and Rehmannia glutinosa through an alcohol fermentation process; fermenting the alcohol fermentation substance through an acetic acid fermentation process by using acetic acid bacteria; and purifying the acetic acid fermentation substance fermented in the previous step. The natural sterilizing agent shows excellent sterilization effects against pathogenic microorganisms, safely sterilizes barns, farmhouses, and drinking water in an eco-friendly manner, and has various functions such as deodorizing, producing organic fertilizers, enhancing breeding productivity, and improving a barn environment.본 발명은 유산균 및 효모 중에서 선택된 하나 이상의 균주를 이용하여 인동등, 황금, 갈근 및 생지황 중에서 선택된 둘 이상을 포함하는 혼합물을 알콜 발효시키는 단계; 상기 알콜 발효물을 초산균으로 초산 발효시키는 단계; 및 상기에서 발효시킨 초산 발효물을 정제하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 살균소독용 발효물의 제조방법 및 상기 발효물을 유효성분으로 하는 살균소독용 조성물에 관한 것으로, 병원성 미생물에 대한 소독 효과가 뛰어나, 축사, 축제 및 음수 소독 등에 유용한 안전하고 친환경적인 소독제일 뿐만 아니라 악취제거, 유기질 축분비료 생산, 사육 생산성 향상, 축사환경 개선 등 다양한 기능을 가진 천연소독제로서 사용될 것으로 기대된다.