本发明公开了一种编码鸡血藤查尔酮合成酶的基因及其应用,该基因为首次从鸡血藤中获得,填补了我国传统中药材鸡血藤中分离克隆查尔酮合成酶基因的空白。本发明所提供的查尔酮合成酶基因具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所述基因编码的蛋白质具有SEQ ID NO.3所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。该基因在鸡血藤根、茎、叶、花以及果实中均有表达,其中在叶和花中表达量较高。本发明提供的查尔酮合成酶基因应用与提高鸡血藤中黄酮类化合物活性成分的含量,对今后鸡血藤种质资源改良具有很好的应用前景。