Disclosed in the present invention is a method for terminal inactivation of pathogenic microorganisms comprising the following steps: a. vacuum freeze-drying a bio-product in a packaging container, and filling the latter with a gas and sealing to obtain the end product b. inactivating same via heat. The method provided in the present invention can effectively inactivate non-lipid envelope viruses, and especially on a parvovirus the inactivating effect is good and the inactivation time is short, so the method overcomes the defects of traditional terminal dry heating inactivation methods.La présente invention concerne un procédé dinactivation terminale de microorganismes pathogènes comprenant les étapes suivantes : a. la lyophilisation sous vide dun produit bio dans un récipient demballage, et le remplissage de ce dernier de gaz avant sa fermeture hermétique pour obtenir le produit final b. linactivation thermique de celui-ci. Le procédé de la présente invention peut efficacement inactiver les virus non dotés dune enveloppe lipidique, et leffet dinactivation est remarquablement bon sur un parvovirus avec une durée dinactivation courte, le procédé permet donc de surmonter les défauts des procédés classiques dinactivation terminale par la chaleur sèche.